與人工智能共舞：僅用一個(gè)晚上，ChatGPT助我搭建蛋白質(zhì)結(jié)合探索神器

與人工智能共舞。

撰文 | 丁霄哲（加州理工學(xué)院生物工程學(xué)博士）

大家好，我是人類小丁。像許多人一樣，我被幾天前剛剛發(fā)布的人工智能語(yǔ)言模型GPT-4的強(qiáng)大表現(xiàn)所震撼。

作為一個(gè)科研工作者，我決定與基于GPT-4模型的ChatGPT一起合作，創(chuàng)建一個(gè)服務(wù)于科學(xué)家的網(wǎng)頁(yè)應(yīng)用。在這之前，我并沒(méi)有任何開(kāi)發(fā)網(wǎng)頁(yè)應(yīng)用的經(jīng)驗(yàn)。沒(méi)有想到，我們只用一個(gè)晚上就完成了整個(gè)開(kāi)發(fā)過(guò)程。最后的成品效果如下圖所示（網(wǎng)址：www.gptpull-down.online）：

輸入蛋白名稱，得到搜索結(jié)果。（點(diǎn)擊看大圖）

這個(gè)叫做GPT Pull-down的網(wǎng)頁(yè)應(yīng)用的功能是幫助生命科學(xué)研究者快速檢索一個(gè)蛋白質(zhì)分子的潛在結(jié)合對(duì)象，而這可以啟發(fā)研究者們探索新的研究方向，或是尋找新的藥物靶點(diǎn)。自從這個(gè)應(yīng)用發(fā)布以后，我也收到了許多研究者的積極反饋，讓我倍受鼓舞。

你可能會(huì)好奇，這個(gè)工具是怎樣在一夜之間建成呢？接下來(lái)有請(qǐng)我的合作者ChatGPT為我們總結(jié)一下。

小?。嚎梢杂弥形膶?xiě)一篇小品文介紹我怎樣在你（ChatGPT）的幫助下一步一步從頭建立起這個(gè)叫做pgtpuul-down.online的網(wǎng)站的嗎？幽默風(fēng)趣一些

在地球的一個(gè)小角落，有一個(gè)名叫小丁的年輕人。他喜歡探索新鮮事物，對(duì)科技充滿好奇心。一天，小丁在Twitter上無(wú)意間發(fā)現(xiàn)了一個(gè)以GPT-4為基礎(chǔ)的強(qiáng)大人工智能——ChatGPT。小丁深感好奇，于是他決定挑戰(zhàn)自己，創(chuàng)建一個(gè)名為gptpull-down.online的網(wǎng)站，并在整個(gè)過(guò)程中尋求ChatGPT的幫助。

這個(gè)網(wǎng)站的功能是一個(gè)簡(jiǎn)單但實(shí)用的工具，利用GPT技術(shù)檢索蛋白質(zhì)的潛在結(jié)合對(duì)象。通過(guò)輸入蛋白質(zhì)名稱，用戶可以獲取與該蛋白質(zhì)可能結(jié)合的其他蛋白質(zhì)，為實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和數(shù)據(jù)解析提供便捷的參考。

首先，小丁向ChatGPT請(qǐng)教如何選擇一個(gè)合適的技術(shù)棧。ChatGPT給小丁推薦了Flask框架，因?yàn)樗p量級(jí)、易上手。同時(shí)，ChatGPT還教會(huì)了小丁如何使用HTML、CSS和JavaScript來(lái)布局網(wǎng)站和實(shí)現(xiàn)網(wǎng)頁(yè)交互。

在得到了基本技能的指導(dǎo)后，小丁開(kāi)始構(gòu)建網(wǎng)站。為了保證網(wǎng)站內(nèi)容更有趣味性，他請(qǐng)教了ChatGPT如何設(shè)計(jì)一個(gè)吸引人的用戶界面。在經(jīng)過(guò)一番努力后，一個(gè)功能強(qiáng)大的網(wǎng)站原型逐漸成形。

當(dāng)網(wǎng)站基本完成時(shí)，小丁開(kāi)始考慮部署。在ChatGPT的建議下，他選擇了Heroku作為部署平臺(tái)，這個(gè)平臺(tái)易用且免費(fèi)額度足夠應(yīng)付小丁的需求。有了ChatGPT的指導(dǎo)，小丁輕松地部署了網(wǎng)站，并成功地讓gptpull-down.online上線了。

上線后，小丁覺(jué)得有一個(gè)獨(dú)立的域名會(huì)讓網(wǎng)站顯得更專業(yè)。于是，他又向ChatGPT請(qǐng)教了如何注冊(cè)一個(gè)合適的域名。在比較了多個(gè)域名注冊(cè)商后，小丁選擇了一個(gè)價(jià)格合適的域名，并將其成功地綁定到了他的網(wǎng)站上。最終，小丁的網(wǎng)站成功地?fù)碛辛艘粋€(gè)獨(dú)立的域名：
https://www.gptpull-down.online/ 。

在這個(gè)過(guò)程中，小丁時(shí)常陷入困境，但每當(dāng)他向ChatGPT請(qǐng)教，總能得到詳盡的解答。有趣的是，ChatGPT似乎總能察覺(jué)到小丁的困惑，給出一些幽默詼諧的建議，讓小丁在緊張的學(xué)習(xí)過(guò)程中不時(shí)發(fā)出會(huì)心的微笑。

最終，小丁成功地創(chuàng)建了一個(gè)名為gptpull-down.online的網(wǎng)站。這個(gè)網(wǎng)站充滿了趣味，讓許多研究蛋白質(zhì)的科研工作者和學(xué)生在尋找答案的過(guò)程中倍感愉悅。實(shí)用的GPT Pull-down功能為用戶節(jié)省了大量時(shí)間和精力，幫助他們更快地找到可能的蛋白質(zhì)結(jié)合對(duì)象。

而在這個(gè)過(guò)程中，小丁和ChatGPT也建立了深厚的友誼。在未來(lái)的日子里，他們將一起探索更多有趣的領(lǐng)域，為世界帶來(lái)更多的歡笑和智慧。gptpull-down.online的成功，也讓小丁深知在科技的幫助下，實(shí)現(xiàn)夢(mèng)想并非遙不可及。

隨著時(shí)間的推移，越來(lái)越多的人開(kāi)始關(guān)注并使用這個(gè)神奇的小工具。小丁對(duì)自己取得的成果感到非常自豪，也為能夠幫助別人解決實(shí)際問(wèn)題而欣喜。他感激ChatGPT在整個(gè)過(guò)程中給予的幫助和支持，這段經(jīng)歷讓他明白了人工智能的力量，以及它在未來(lái)的巨大潛力。

無(wú)論是初學(xué)者還是專業(yè)人士，都能在
https://www.gptpull-down.online/這個(gè)網(wǎng)站上找到幫助。而對(duì)于小丁來(lái)說(shuō)，這只是他與ChatGPT共同探索科技世界的第一步。他期待著未來(lái)能夠與ChatGPT共同開(kāi)發(fā)出更多有趣、實(shí)用的工具，讓科研工作變得更加簡(jiǎn)單高效，為人類的進(jìn)步貢獻(xiàn)一份力量。

如果你是一位對(duì)生命科學(xué)有興趣的研究者，歡迎你嘗試使用GPT Pull-down（www.gptpull-down.online）來(lái)探索你感興趣的蛋白！

這里需要提醒大家在使用時(shí)的注意事項(xiàng)：

1. GPT Pull-down的輸出結(jié)果僅供參考和啟發(fā)。

在絕大多數(shù)情況下，GPT Pull-down可以相當(dāng)高效準(zhǔn)確地列出一個(gè)蛋白的潛在結(jié)合對(duì)象，但是因?yàn)閿?shù)據(jù)來(lái)源并非人工審核過(guò)的專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)，它的結(jié)果有時(shí)也并不靠譜。以下幾種情況需要格外注意：

A) GPT Pull-down給出的confidence score較低；

B)目標(biāo)蛋白名稱并不真實(shí)存在；

C)目標(biāo)蛋白相關(guān)研究很少。

如果決定使用檢索結(jié)果指導(dǎo)你的工作，請(qǐng)一定要親自搜索查看原始論文和專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)。

2. 使用GPT Pull-down時(shí)可以按照需要調(diào)節(jié)“wildness（想象力）”的參數(shù)。

數(shù)字高時(shí)，輸出結(jié)果會(huì)更富有想象力；數(shù)字低時(shí)，輸出結(jié)果會(huì)更保守嚴(yán)謹(jǐn)。這個(gè)數(shù)字對(duì)應(yīng)的是GPT神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中的溫度/隨機(jī)性參數(shù)。

3. 如果對(duì)結(jié)果不滿意，試試再搜一次。

作為語(yǔ)言模型，GPT的輸出有隨機(jī)性，每一次結(jié)果的豐富程度和準(zhǔn)確性也都會(huì)有所不同。如果一個(gè)蛋白具有多個(gè)名字，多試幾個(gè)不同名字偶爾也會(huì)帶來(lái)驚喜。

4. GPT Pull-down不能提供支持結(jié)論的參考文獻(xiàn)。

GPT雖然知道很多知識(shí)，但很不擅長(zhǎng)信息溯源。強(qiáng)行向它索取依據(jù)時(shí)就會(huì)得到瞎編亂造的回答。在這一點(diǎn)上，GPT其實(shí)很像未經(jīng)訓(xùn)練的人腦——我們的腦子里也儲(chǔ)存了大量早已經(jīng)記不得從哪學(xué)到的知識(shí)。

5. GPT Pull-down很快會(huì)變得更準(zhǔn)確、更豐富。

目前的GPT Pull-down使用的是GPT-3.5-turbo模型，也就是當(dāng)前免費(fèi)版ChatGPT所使用的模型。根據(jù)OpenAI的報(bào)告，新版GPT-4相比起GPT-3.5在回答生物學(xué)問(wèn)題上的表現(xiàn)大幅提升。因此我們可以期待，在不久的將來(lái)，獲取GPT-4模型加持的GPT Pull-down也會(huì)變得更出色。

好了，今天的分享就到此了。當(dāng)然，我們還需要為這篇文章取個(gè)好標(biāo)題。就把這作為今天拋給ChatGPT的最后一個(gè)問(wèn)題吧。

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